El propósito de la Dirección es promover una cultura de investigación que se concreta en el apoyo a proyectos de investigación y en la publicación de sus resultados a través de presentaciones públicas, revistas y sistema de difusión en línea que se ponen a la disposición de la comunidad universitaria y la sociedad en general; además garantiza que se realicen estas indagaciones académicas según las áreas siguientes: Facultad de Ciencias y Humanidades (Salud y, Educación); Facultad de Ciencias Jurídicas y Económicas (Derecho, Administración y Economía y, Tecnología); Facultad de Ingeniería Civil y Arquitectura (Tecnología y, Arte y Arquitectura); Facultad de Ciencias Agronómicas (Agropecuaria y Medio Ambiente.

Las áreas antes indicadas suman ocho en total y guardan relación con las carreras que sirve la Institución para que contribuyan a la aprehensión de los fenómenos sociales, económicos, políticos, culturales y de otra índole que se manifiestan en el entorno local. Su visión se enfoca en ser una Dirección de Investigación con una participación activa y crítica en el proceso de construcción del conocimiento en El Salvador.